Le tracé de la Ligne à Grande Vitesse Tous-Bordeaux passait en partie sur le refuge tel qu’il était configuré avant 2013. La moitié du terrain a été impactée : 18 box chiens ont été supprimés, ainsi que l’enclos de détente des chiens, et l’enclos des chats FIV+. La fourrière chiens et chats est également touchée. Les structures détruites pour les besoins de la LGV ont été reconstruites.